1、不会，这点360还是做得挺好的。
2、不管你扫描出什么木马，病毒，360会将这些异常文件隔离，你可以到隔离区再去删除，或者信任恢复。
3、360系统急救箱更不会动你的个人文件了，你只是扫描系统文件，和病毒库对应的东西。
4、急救箱是经过云检测而杀毒的，除非360认定微软的系统有病毒，不然是不会的。