沪股通和深股通的主要区别在于沪股通买的是上海证券交易所上市公司的股票，深股通买的是深圳证券交易所上市公司的股票，两者合称“沪港通”，即沪港股票市场交易互联互通机制。中国结算、香港结算相互成为对方的结算参与人，为沪港通提供相应的结算服务。