股权质押的目的是获得短期经营现金流。然而很多新三板公司都是成长中的中小型企业，经营能力极不稳定。通过股权质押融资获得经营资金后，他们可能无法解决经营困难，因此很可能再次陷入经营现金流困境。此时，企业面临无法按时偿还贷款的风险，导致股权无法发放贷款。

　　新三板企业的股价没有涨跌。如果股价跌破收盘线，补仓机制就会被触动。如果不能及时补仓，股权的所有权将会丧失。对于新三板，严肃的企业家来说，股权的变化是他们最不希望看到的。但公司股价是无法控制的，尤其是做市场转让的企业。业务问题、财务问题等轻微负面消息，都有可能导致股价跳水。

　　对于质权人而言，主要风险是股价跌破保证金线，但质押标的无法及时变现。目前当新三板股权的定价不公平，质押的股权无法在二级市场顺利出售时，质权人将被锁定。此外企业的财务欺诈和借款人的道德问题也是质押中的重要风险。特别是需要谨慎对待大股东股权的质押行为，如东田制药在质押其全部股份后退市，导致质权人利益崩溃。