在实施程序上南京市规划和自然资源局列出八个创新亮点。一是创设集体土地征收补偿安置联席会议、跟踪审计和阳光公示三大机制，进一步规范征收行为，将推动各区政府妥善解决安置人员资格认定、土地补偿费发放、征地信息公开等方面疑难问题。

　　五是区政府必须与拟征收土地的所有权人、使用权人就补偿安置等签订协议，取得农民的同意后，才能提出土地征收申请。

　　对于法律允许的个别未达成协议仍可申请土地征收的情形，将“个别”比例严格限定在10%以内，兼顾保障农民权益和保障经济社会发展用地需求。

　　七是建立土地现状调查结果公示制度，用列举方式明确四种不当增加补偿情形，征收完成后要及时办理房地一体的注销登记，进一步完善补偿安置争议的取证方式和解决途径，并特别要求开展责令交地时须在“专户存储补偿安置费用”，以程序正义促进权益保护。

　　八是细化土地征收全流程阳光公示要求，明确修改后的征地补偿安置方案须再次公示，对各环节的公示主体、公示内容、公示场所和公示时间均作出了明确要求，并要求做好公示现场的信息采集、留存和归档，确保集体土地征收补偿安置流程可追溯、档案可查证、责任可追究。

　　据紫金山新闻，南京市规划和自然资源局耕保处处长刘洋介绍，1983年以来，南京市集体土地征收补偿安置政策文件已历经五次更迭，但市本级和老五县的政策各成体系，本次《办法》统一了各区政策，在全市范围内保障了集体土地征收的公益性、公平性和公正性。同时，新《办法》创设集体土地征收补偿安置联席会议、跟踪审计和阳光公示三大机制，进一步规范征收行为。