京东商城往往不兼容支付宝支付一是由于应用支付宝付款，支付宝钱包会扣除巨额的花费；二是京东刘强东觉得一个知名企业应当有自身健全的支付平台；三是由于京东和淘宝归属于竞争关系，京东商城应用支付宝付款方法会将自身的消息泄露给淘宝网。